Fue creada el 16 de junio de 1986 con parte de la diócesis de Posadas mediante la bula Abeunt alterna vice de Juan Pablo II, y su primer obispo fue el sacerdote jesuita español Joaquín Piña Batllevell.
El 13 de junio de 2009 cedió las 3 parroquias del departamento Guaraní para la creación de la diócesis de Oberá, y recibió las 2 parroquias del departamento Libertador General San Martín separadas de la diócesis de Posadas.
Actualmente la Diócesis de Iguazú tiene como Obispo a Nicolás Baisi, quien asumió la misión de guiar a las comunidades luego de que el anterior Obispo Marcelo Martorell cumpliera con la etapa de misión en la tierra colorada, y regresando a su tierra natal Salta, convirtiéndose así en Obispo Emérito.